Ngày 24 tháng 12 năm 1898, Herbert Huntingdon Smith nhận diện mẫu vật Santamartamys đầu tiên tại Ocana, Santa Marta, Magdalena, Colombia.[3] Mẫu vật có giới tính không xác định được, và tất cả mẫu vật của Smith đều được tìm thấy ở thợ săn địa phương, vì vậy không có thông tin chi tiết nơi con vật được phát hiện.[3] Mẫu vật thứ hai, cũng giới tính không xác định, phát hiện khoảng năm 1913 ở Sierra Nevada de Santa Marta bởi Carriker, nhưng cũng không có nhiều thông tin về nơi hay thời điểm phát hiện.[3]

Ngày 4 tháng 5 năm 2011,[4] hai tình nguyện viên từ Fundación ProAves nhận diện một mẫu vật non ở khu dự trữ thiên nhiên El Dorado, Sierra Nevada de Santa Marta.[3][5] Tại 1.958 m (6.424 ft) trên mặt nước biển, con vật được phát hiện ở năm người tại 11°06′2,93″B 74°04′19,36″T / 11,1°B 74,06667°T / 11.10000; -74.06667.[3]